Computer hilft pflanzliches Mikrobiom zu verstehen
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Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät: Beste Dissertation Jahres 2017 verliehen
Düsseldorf, 02.02.2018 – Der Computereinsatz wird immer entscheidender für die biologische Forschung. Der Informatiker Dr. Ruben Garrido-Oter erforscht hiermit das pflanzliche Mikrobiom. Diese Forschungsarbeit zeichnete die Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf (HHU) auf der heutigen Promotionsfeier als beste Dissertation des Jahres 2017 in der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät aus. Gleichzeitig wurden 92 Nachwuchswissenschaftler promoviert und der Preis für die beste Promotion der Graduiertenschule MOI II verliehen.
Eine Vielzahl von Mikroorganismen lebt in und auf Pflanzen, unterstützt diese etwa bei der Umsetzung von Nährstoffen, schützt sie, kann sie aber auch in Form von Krankheitserregern schädigen. Die Gesamtheit all dieser Mikroorganismen einer gesunden Pflanze bezeichnet man als Mikrobiom. Wie sich dieses unter verschiedenen Umweltbedingungen entwickelt, interessiert Dr. Ruben Garrido-Oter. Er hat dazu Computermodelle entwickelt und diese für biologische Fragestellungen angewandt. Darüber hinaus hat er einen neuen Computeralgorithmus entwickelt, um Teile im Bakteriengenom zu identifizieren, die sich als Funktionseinheiten entwickeln.
Beispielsweise konnte er mit computergestützten Verfahren entscheidend dazu beitragen, eine repräsentative Bibliothek von Bakterienisolaten der Pflanzenmikrobiota zu erstellen. Er entwickelte dann Algorithmen, mit denen die zugehörigen Genome der einzelnen Mikrobiotamitglieder untereinander verglichen und deren evolutionäre Verwandtschaft rekonstruiert werden können. Zudem hat er Bakteriengene identifiziert, die für die funktionale Anpassung an den Wurzel- beziehungsweise Blattlebensraum verantwortlich sind und möglicherweise zur Pflanzengesundheit beitragen.
Selbst Informatiker, interessiert sich Dr. Garrido-Oter insbesondere für Fragestellungen an der Schnittstelle vom Computerwissenschaften und Biologie. Dabei geht es auch darum, reale Experimente zu entwerfen, mit denen die Vorhersagen seiner Computermodelle überprüft werden können. Die Experimente geben auch wichtige Daten für die Feinjustierung der Modelle.
Sein Promotionsbetreuer und -gutachter Prof. Dr. Paul Schulze-Lefert beschreibt Dr. Garrido-Oter als herausragenden Nachwuchswissenschaftler: „Er ist ein natürliches Forschungstalent und weist eine außergewöhnliche Originalität in seiner Forschungsarbeit auf. Ruben Garrido-Oter ist einer der begabtesten und vielseitigsten Doktoranden, die ich in den letzten 25 Jahren begleiten durfte.“
Die Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät der HHU zeichnet Dr. Garrido-Oter für seine Promotionsschrift „Computational Methods for the Analysis of Plant-associated Microbial Communities“ heute als „Beste Dissertation in der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät 2017“ aus.
Beste Promotion der Graduiertenschule MOI II
Bei der Promotionsfeier vergab darüber hinaus die Manchot-Graduiertenschule „Molecules of Infection II“ (MOI II) ihren Forschungspreis für die beste Doktorarbeit in ihrem Bereich aus. Die Auszeichnung geht an den Biologen Dr. rer. nat. Lasse van Wijlick. Er promovierte am Institut für Molekulare Mykologie zum Thema „Anpassung des humanpathogenen Pilzes Candida albicans an wirtspezifische Umgebungsbedingungen durch den Transkriptionsfaktor Ace2“.
92 Promotionen seit letzter Promotionsfeier
Am 2. Februar 2018 verlieh die Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät 42 Nachwuchswissenschaftlerinnen und 50 Nachwuchswissenschaftlern im Rahmen der Promotionsfeier ihren Doktortitel. Traditionsgemäß stellten die Biologen mit 40 Promotionen das größte Kontingent, gefolgt von den Chemikern (19), Pharmazeuten (12), Physikern (10), Informatikern (7) und vier Psychologen. Der Kreis der Promovierten ist international: Neben Deutschland kommen sie aus China, Costa Rica, Georgien, Indien, Iran, Italien, den Niederlanden, Russland, Spanien, Tschechien, Thailand und der Türkei.
Prof. Dr. Dr. h.c. Peter Kleinebudde, Prodekan der Fakultät führte durch die Promotionsfeier und übergab die Promotionsurkunden. An die frisch Promovierten gewandt formulierte er die besonderen Herausforderungen, die vor den Promovierenden stehen: „Das Vertrauen der Gesellschaft in die Wissenschaft scheint fatalerweise langsam zu erodieren.“ Hieraus erwächst eine Verantwortung an jeden Wissenschaftler: „Sie gehören jetzt zu den Repräsentantinnen und Repräsentanten der Wissenschaft und können durch Ihr Vorbild und Verhalten mithelfen, das Vertrauen der Gesellschaft in die Wissenschaft zu erhalten oder zurück zu gewinnen.“
In seiner Ansprache betonte er die hervorragenden Forschungsmöglichkeiten, die dem wissenschaftlichen Nachwuchs an der HHU zur Verfügung stehen und die die jungen Forscherinnen und Forscher zu nutzen wissen. Insbesondere mit Blick auf Dr. Garrido-Oter sagte er: „Seine Leistungen in der Forschung zeigen, dass alle, die an der HHU promovieren, die Chance haben, hervorragende wissenschaftliche Erkenntnisse zu schaffen. Wer diese Möglichkeiten in besonderer Weise ergreift, verdient unsere Anerkennung, die wir heute durch die Verleihung des Preises ‚Beste Dissertation 2017‘ ausdrücken.“
Die Fächer Mathematik und Informatik richteten in diesem Semester die Promotionsfeier aus. Prof. Dr. Dr. h.c. Winfried Stute von der Universität Gießen hielt den Festvortrag zum Thema „Nichts als Risiken – Notizen eines Mathematikers“.
Bei der Promotionsfeier wurden traditionell wieder die schönsten und kreativsten Doktorhüte und Doktorwagen gekürt.
Dr. Ruben Garrido-Oter
Ruben Garrido-Oter, geboren 1984 in Madrid/Spanien, studierte Computerwissenschaften, im Jahr 2011 schloss er seinen Master an der Technischen Universität Berlin ab. Von 2012 bis 2017 forschte er an der HHU am Institut für Algorithmische Bioinformatik und am Max-Planck-Institut für Pflanzenzüchtungsforschung; er schloss dies im Juni 2017 mit seiner Promotion zum Thema „Computational Methods for the Analysis of Plant-associated Microbial Communities“ ab, die mit der Bestnote summa cum laude bewertet wurde. Seit dem letzten Jahr leitet er eine Forschungsgruppe zur integrativen Bioinformatik am Max-Planck-Institut für Pflanzenzüchtungsforschung in Köln.
Der Informatiker ist seit dem Jahr 2012 in den Exzellenzcluster CEPLAS für Pflanzenforschung eingebunden – auch in seiner Tätigkeit am Kölner Max-Planck-Institut. Dabei untersucht er die Entwicklung von Pflanzengemeinschaften und deren evolutionäre Veränderung.
Dr. Garrido-Oter kann bereits auf eine beeindruckende Zahl an Publikationen in hochrangigen Zeitschriften verweisen, so in Nature und den Proceedings of the National Academy of Sciences. Er sprach, unter anderem als „Invited Speaker“, auf wichtigen Fachtagungen.
Dr.rer.nat. Arne Claussen
Stabsstelle Presse und Kommunikation
Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf
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Tel.: 49 211 81-10896
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arne.claussen@hhu.de
www.hhu.de
Die Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf (HHU) ist seit 1965 die Universität der Landeshauptstadt und eine feste Größe in der deutschen Hochschullandschaft.
An ihrer Medizinischen, Mathematisch-Naturwissenschaftlichen, Philosophischen, Wirtschaftswissenschaftlichen und Juristischen Fakultät studieren rund 34.000 Studierende. Im Fokus der wissenschaftlichen Forschung stehen traditionell die Lebenswissenschaften. Zuletzt konnte im Rahmen der „Exzellenzinitiative“ von Bund und Ländern die Förderung eines Exzellenzclusters in der Pflanzenzüchtungsforschung gewonnen werden.
Mehr zur HHU im Internet unter www.hhu.de.
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