CARTANA lanserar In Situ sekvenseringsteknik som service till neuroforskare
In Situ - sekvenseringsmetoden kartlägger uttryck av enskilda gener i vävnad
Stockholm, 20 maj, 2019 - Det svenska bioteknikföretaget CARTANA tillkännagav idag lanseringen av sin nya och egenutvecklade, 4:e generationens In Situ sekvensering (ISS). CARTANA har utvecklat den enda kommersiella tekniken för att kvantitativt kartlägga> 100 gener med avseende på var i cellen de finns samtidigt som vävnadsmorfologin bevaras intakt, vilket ger forskare över hela världen möjlighet att, för första gången, generera digitala kartor över cellernas enskilda genuttryck i t.ex. hjärn- och ryggmärgsvävnadsprover. Tekniken tillåter även att tydligt skilja mellan olika splice-varianter och att detektera mutationer direkt i vävnadsprovet med hög specificitet.
"Kunderna kan antingen bereda sina egna prover med hjälp av vårt unika NeuroKit och skicka dem till CARTANA för in situ-sekvensering och bildanalys, eller helt enkelt förse oss med sina vävnadsprover så tar vi hand om hela processen med provberedning, sekvensering och bildanalys "säger CARTANAs VD, Malte Kühnemund.
CARTANAs metod är baserad på en In Situ RNA-sekvenseringsteknik som ursprungligen utvecklades i Mats Nilssons laboratorium vid Science for Life Laboratory i Stockholm. Tekniken beskrevs första gången 2013 i en artikel i Nature Methods. Intresset som publiceringen genererade ledde till beslutet att optimera tekniken för att tillåta hög throughput och specificitet och att erbjuda den kommersiellt.
Streckkodade padlock probes används för att analysera cDNA hos gener av intresse. Dessa kopieras sedan in situ genom användning av s.k. rolling circle amplification följt av sequencing-by-ligation, även den direkt i vävnaden. På detta sätt bevaras cellmorfologin. Tekniken är också mycket specifik genom flera olika mekanismer i probernas konstruktion och metodens utförande.
"Teknologins huvudsakliga tillämpning är att kartlägga var i vävnaden olika celltyper finns. Dessa kan t.ex ha identifieratsgenom individuell RNA-sekvensering av enskilda celler”, fortsätter Kühnemund. ”Som exempel kan nämnas att forskare från SciLifeLab och University College London använt vår teknik för att kartlägga inhibitoriska neuroner i ett område av mushjärnans hippocampus som är viktiga för minnesfunktionen. Kartläggningen visade att dessa celltyper finns inom detta område, något som stämmer överens med den etablerade kunskapen, men man har hittills inte kunnat kartlägga alla samtidigt i vävnadsprover.
Neurovetenskap är det första applikationsområdet för CARTANAs teknik men det finns även ett brett spektrum av andra potentiella tillämpningar inom immunologi och onkologi, inklusive att studera utveckling av embryonala stamceller och mikromiljön hos tumörer.
Titta på videoklipp här: Science & Customer
För ytterligare information, besök www.cartana.se.
Till redaktionen
Kontakt: Malte Kühnemund, VD, Tel: 0700 943 733, E-post: malte@cartana.se
Om Cartana
CARTANA är ett svenskt företag inom genomikområdet som grundades 2017 baserat på forskning i Mats Nilssons laboratorium, Science for Life Laboratory. CARTANA har kommersialiserat en 4: e generationens In Situ RNA-sekvenseringsteknik som samtidigt identifierar fler än 100 gener från en och samma vävnadssektion med en upplösning av enskilda celler. Initialt är tekniken framtagen för neurovetenskap, men kommer potentiellt att även kunna komma att tillämpas inom immunologi och onkologi. www.cartana.se.